O final original de Missão: Impossível – Protocolo Fantasma traria Ethan Hunt (Tom Cruise) se tornando o novo secretário da IMF e passando o bastão para outro personagem na franquia.

Em entrevista com o Collider, o diretor de fotografia do Robert Elswit revelou alguns detalhes sobre o final original do filme. Cruise deixaria Missão: Impossível após o longa-metragem.

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“Na versão original do Protocolo Fantasma, Tom Cruise deixa de ser Ethan Hunt, o agente, e torna-se Ethan Hunt, o secretário. Eles criariam outra unidade, com outro ator. Talvez Jeremy Renner, mas não tenho certeza. Eles passavam por uma série de eventos selvagens e no final Tom se tornaria o secretário, com um novo agente assumindo a franquia. Parecia maluquice, mas foi uma espécie de passagem de bastão.”

Christopher McQuarrie acabou reescrevendo o roteiro, mantendo Tom Cruise como o protagonista de Missão: Impossível. McQuarrie mais tarde dirigiria as continuações da franquia.

Missão: Impossível ganhará duas novas sequências em 2021 e 2022.